Οι Σχολές του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ρέθυμνο έχουν την τύχη να στεγάζονται, από τη δεκαετία του 1990, στις εκτεταμένες εγκαταστάσεις της Πανεπιστημιούπολης του Γάλλου, μόλις 3 χλμ. από την πόλη του Ρεθύμνου. Πρόκειται για περιοχή με μεσογειακό κλίμα, με πλούσια χλωρίδα και με αντιπροσωπευτικούς τύπους βλάστησης της Κρήτης. Η ίδια περιοχή έχει, επιπλέον, φιλοξενήσει διαχρονικές ανθρωπογενείς δραστηριότητες, όπως προέκυψε από την επιφανειακή έρευνα που πραγματοποίησε το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας, πριν από την κατασκευή των πανεπιστημιακών εγκαταστάσεων.
Από τα σημαντικά αυτά δεδομένα προέκυψε η πρόταση δημιουργίας ενός Πανεπιστημιακού Βοτανικού Κήπου, που θα συνδυάζει τα περιβαλλοντικά και πολιτισμικά πλεονεκτήματα του χώρου και θα αποτελεί τόπο διαρκούς εκπαίδευσης, έρευνας και αναψυχής, για τα μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας όσο και για την τοπική κοινωνία. Πρόκειται για μια δράση πρωτότυπη για τον ελλαδικό χώρο, και απολύτως καινοτόμο σε διεθνές επίπεδο, αφού στηρίζεται στη διεπιστημονική συνεργασία ειδικοτήτων της Βοτανικής και της Αρχαιολογίας και εν γένει των ιστορικών και κοινωνικών επιστημών. Συγχρόνως, η δράση διευρύνεται προς τα φυσικά και ανθρωπογενή οικοσυστήματα των άλλων νησιωτικών χώρων της Μεσογείου.
Η συγκεκριμένη πρόταση υποστηρίχθηκε από την Αντιπρύτανη Υποδομών και Φοιτητικής Μέριμνας καθ. Ιωάννα Γιατρομανωλάκη και εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης, η οποία παραχώρησε με απόφαση (239ης /01-03-07) και τη χρήση των χώρων της Πανεπιστημιούπολης του Γάλλου που είναι απαραίτητοι για τις ανάγκες του Βοτανικού Κήπου.
Στο πλαίσιο λειτουργίας του Βοτανικού Κήπου, το 2016, υπεγράφη πρωτόκολλο συνεργασίας με το Δήμο Ρεθύμνης. Η ενέργεια αυτή υποστηρίχθηκε από τον Δήμαρχο κ. Γεώργιο Μαρινάκη και τον Πρύτανη του Πανεπιστημίου Κρήτης Καθηγητή Οδυσσέα Ζώρα. Αντικείμενο της συνεργασίας αποτελεί η ανάπτυξη κοινών δράσεων σχετικών με τη διαχείριση του Δημοτικού Κήπου Ρεθύμνης και την οργάνωση και ανάδειξη του χώρου μέσω της επιστημονικής έρευνας, μελέτης και τεκμηρίωσης σε βοτανικά, οικολογικά καθώς και πολιτισμικά θέματα που αφορούν στον κόσμο των φυτών.
