Ο Βοτανικός Κήπος αποτελεί χώρο εκπαίδευσης και έρευνας προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών του Πανεπιστημίου Κρήτης και σε συνεργασία με τις Διευθύνσεις Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης διοργανώνει Προγράμματα Εκπαίδευσης για μαθητές και κοινό.